Madagaskar: Kaçış 2 Afrika, Alex, Marty, Melman, Gloria, Kral Julien, Maurice ve penguenlerin, adada bir uçak tamir etmeye başlamalarını ve sonrasında Afrika'ya gitmek zorunda kalmalarını konu alıyor. Afrika'ya vardıklarında kendi türlerinden diğer hayvanlarla tanışırlar ve orada yeni maceralar yaşarlar. Ancak Afrika'da da güvende olup olmadıkları konusunda şüpheleri vardır çünkü Central Park'taki evlerinden uzakta olduklarını bilirler. Eğlenceli karakterlerin maceralarının yanı sıra, dostluk ve aidiyet duygularını da konu alan film, izleyicilere komik ve duygusal anlar sunuyor.